徳島インディゴソックスのロゴは、徳島県の特産品でもある「藍染」をモチーフとし、メジャーリーグにもある「レッドソックス」、「ホワイトソックス」にも負けない日本古来の藍染をイメージしたロゴとなっています。ロゴの形は、布を縫い合わせた模様で緻密さとチームワークの良さを表現しています。

キャラクターは、走っても、攻めても、守っても良い。走攻守そろった「スパイダー」をモチーフとしています。糸で張り詰められたクモの巣は、ホームベースを守っています。